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Google Genomics: Qwik Start

Zugangsdauer: 30 Minuten · Abschlussdauer: 30 Minuten
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GSP143

Google Cloud Labs zum selbstbestimmten Lernen

Übersicht

Google Genomics unterstützt die Lifescience-Community dabei, die genomischen Daten der Welt zu organisieren und sie zugänglich und nützlich zu machen. Durch Fortschritte in den Bereichen "Big Data" und "maschinelles Lernen" wurde ein neues Gebiet erschlossen, nämlich "Big Genomic Data". Der Bestand an biologischen Sequenzen liegt jetzt schon im Petabyte-Bereich und bewegt sich schnell auf die Exabyte-Schwelle zu. Sie sollen dabei helfen, einige der schwierigsten Probleme auf dem Feld der Biomedizin anzugehen. Google Genomics ist eine API, die zur Google Cloud Platform gehört. Mit ihr können Sie große Datensätze genomischer Daten mühelos speichern, verarbeiten, analysieren und für andere freigeben.

In diesem Lab verwenden Sie Google Genomics, um htsget protocol und SAMtools zu implementieren. Beide Methoden werden in diesem Bereich oft genutzt, um auf große Dateien genomischer Daten zuzugreifen und diese zu analysieren.

  • htsget protocol: Für den Zugriff auf kurze Abschnitte von DNA-Sequenzen und auf Sequenzvariationen, um die Freigabe genomischer Daten in großen Mengen zu ermöglichen
  • SAMtools: Für die Interaktion mit Daten, die mit erhöhtem Durchsatz sequenziert wurden

Da beide im Containerdienst "Docker" ausgeführt werden, ist die Verbindung mit der Google Cloud Platform sehr gut möglich. In diesem Lab werden Sie mit beiden Methoden praktisch arbeiten. Danach sind Sie in der Lage, Genomsequenzen eigenständig zu analysieren.

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